1821년, 마침내 스페인으로부터 멕시코가 독립을 했다. 그래서 캘리포니아가 멕시코의 일부분이 되었지만 대부분의 캘리포니언들은 멕시코의 독립 소식을 7개월이 넘도록 모르고 지냈다.
어느날, 멕시코에서 온 관리가 멕시코의 독립 소식을 전했을 때 비로서 캘리포니아인들은 이 소식을 알았으며, 캘리포니언들이 이 소식을 알고나서도 스페인처럼 지속적인 원조를 기대했으나 멕시코는 캘리포니아의 교회의 재산을 몰수하여 캘리포니언들에게 나누어 주는 일로 대신하였다.
이른바, 멕시코 정부가 캘리포니아에 가장 먼저 행한 정책은 토지 분배 건이었다.
1825년 최초의 멕시코 정부 캘리포니아 주지사인 Jose Maria Echeandia는 샌디에고에 정착하고 그 곳을 몬테레이를 대신해서 주도로 정했다. 1825년 첫번째 캘리포니아 주지사 Jose Maria Echeandia는 불공평했던 토지 분배를 재검토하였다.
1823년부터 시작된 멕시코 정부 관할 토지 분배는 최초로 프란시스코 마리아 루이스에게 8486에이커의 토지가 주어줬다.
이듬해에 33명에게 2455㎢ 토지가 분배되었는데 이 때는 미국인을 비롯한 외국인들도 토지를 얻을 요량으로 캐톨릭 신자가 되고 시민권을 받느라고 수선을 피우던 시기였다.
멕시코의 토지분배 정책은 교회 재산을 민간 소유로 옮기는 정책이기도 했다. 즉, 프란시스칸 미션의 소유 재산을 1825년 당시의 캘리포니아 거주민과 인디언 원주민에게 토지를 분배하여 준다는 목적이었던 것이다.
1833년 새로운 주지사인 호세 루이스 피게로아에 의해 21개의 교회 재산이 분할되어 목장으로 변했다. 그 해 8월, 교회 재산이18000명의 카톨릭 세례자들에게 이전되었다고 발표하였다. 그리고 수 백만 에이커의 교회 토지가 역시 나뉘어져서 분배되었다.
새로운 멕시코 법에 의하면 새로운 캐톨릭 세례자는 누구나 적은 양이라도 토지를 분배받을 권리가 있다고 했으나 많은 인디언들과 시골의 많은 캐톨리 세례자들은 이 사실을 알지 못했고 대부분의 토지는 스페인 계층의 백인이나 멕시코 시티에서 갓온 백인들의 차지로 돌아갔다.
그 당시에 700여 교회 대지가 각기15000에이커씩 분배되었다고 한다. 나중에 이 소식을 전해들은 사람들이 항의를 했지만 이미 토지 분배는 끝이난 후였다. 새로운 계층의 더 많은 백인 목장주들이 탄생하는 시대가 되었던 것이다.
많은 역사 학자들은 당시 상황을 이처럼 표현했다. “만에 하나 인디언들이 토지 분배 덕에 토지를 소유했다 하더라도 백인들의 괄세에 토지를 유지하기가 어려웠으리라”고 판단했다.
더불어, 미션 시대는 완전히 막을 내리고 그 밑에서 생활하던 인디언들은 각자의 살 길을 찾아 뿔뿔히 흩어져 버리고 말았다.
